За да попречи на французите да променят историята, която познаваме, Министерството изпраща на мисия нов патрул от току-що вербувани агенти. Главните герои Амелия Фолк, Хулиан Мартинес и Алонсо де Ентрерриос.

Гил Перес (известен агент на Министерството по време на управлението на Фелипе II) разбира, че Лопе де Вега, който участва в Непобедимата армада, няма да се качи на същия кораб, на който трябва. Според историята това е корабът Сан Хуан – един от малкото, чийто екипаж успява да запази живота си. Вместо това се е запътил към друг, където ще срещне сигурна смърт, преди да е написал някои от най-добрите си творби.

Патрулът пътува до Лисабон от 1588 г., за да го спаси. Пътуването дава възможност на Амелия да се запознае лично с любимия си автор. Алонсо се оказва близо до своята епоха и така среща с порасналия си син, за чието съществуване не подозира. Предвид заетостта на останалите двама, за Хулиан е истинско главоболие да държи под контрол операцията по спасяването.

Основна грижа на Министерството е да попречи на някой да използва пътуването във времето, за да пренапише настоящето, променяйки миналото. Тази задача става повече от жизнено важна, когато опит за такава подмяна се извършва от нацистите. Химлер, узнал за съществуването на тайна врата в манастира Монсерат, пътува натам, за да я използва за целите на режима.

В същия ден, на 23 октомври 1940 г. в Хендайе (Франция), Хитлер ще се срещне с Франко, за да обсъдят евентуалното включване на Испания като съюзник във войната. Събитие, което трябва да бъде предотвратено на всяка цена. Битката за опазването на историята този път се води от два патрула. Амелия, Хулиан и Алонсо помагат в манастира, а Ернесто и Ирене са готови за План Б на срещата в  Хендайе.

„Книгата на вратите“ е основополагаща за появата на Министерството на времето. През 1491 г. нейният автор Авраам Леви я подарява на Исабела I Кастилска, в замяна на протекции пред Инквизицията. Въпреки волята на кралицата (и зад гърба й) Авраам все пак умира, изгорен на клада. Историята не е много поучителна, но пък е такава, каквато е. Поне докато в наши дни адвокатът на наследниците Леви не открива документ, доказващ случилото се. Появява се в министерството и изисква солидно обезщетение, за да не разкрие съществуването на институцията. Тайна, пазена от векове. 

Патрулът пътува до 1491 г., за да отърве равина от кладата. Проблемът е, че точно тази врата се намира в примка във времето и екипът разполага само с 24 часа, за да завърши мисията успешно. Отново и отново, сякаш участват във филма „Омагьосан ден“, агентите се връщат в същия ден, но все не успяват да попречат на Великия инквизитор Томас де Торквемада да издаде присъдата си. Най-голямата изненада за всички обаче ще е да разберат кой всъщност е Торквемада.

Същевременно, майката на Амелия настоява дъщеря й да си намери годеник и да се ожени. Затова започва да я шпионира, като така поставя в риск тайната й служба в Министерството. За да разреши проблема, Хулиан се представя за неин годеник. И изведнъж лекът се оказва по-тежък от болестта.

След тежки преговори картината на Пикасо „Герника“ идва в Испания през 1981, като символ на възвръщащата се демокрация. Въпреки това, в Министерството се получават сведения, че преговорите са на път да не протекат както предполага историята, което поставя в опасност завръщането на платното.

За да противодействат на опитите „Герника“ никога да не се прибере у дома – Амелия, Хулиан и Алонсо трябва да открият договора за продажба между Пикасо и републиканското правителство. Затова пътуват до 1981 г, точно до ключовия момент в преговорите. Изненадата им е голяма, когато откриват кой всъщност седи в основата на проблема. Шок и за самото Министерство.

Хулиан се възползва от пътуването до Мадрид от времето на своето детство, за да се срещне с миналото си. Само че не е каквото си го представя.

При археологически разкопки в Саламанка през 2015 г. са открити останки от XVI в., картини от 1520 г., други находки от същия период, както и… един мобилен телефон. Телефонът принадлежи на предприемач от наши дни, който бяга от 2013 г., след като става ясно, че бизнесът му е измамна схема.

Патрулът отпътува до Кастиля от началото на XVI в., за да го задържи и да го върне в настоящето. За това разчитат на помощта на младеж на име Лазаро де Тормес. По време на мисията Лазарийо е заловен и го грози смъртна опасност. Задачите вече са две: агентите трябва да хванат измамника, но и да опазят живота на Лазаро. Един персонаж, за когото всички смятат за измислен, но изведнъж го срещат от плът и кръв. Изчезването му преди да бъде написана книгата би означавало, че един от емблематичните текстове в испанската литература може никога да не види бял свят.

През 1843, едва 14 годишна, кралица Изабела II поема престола под регентството на майка си и настоява да посети викторианското Министерство на времето. Официалната визита обаче се превръща в заплаха за сигурността й. Радикализиран бивш сътрудник на министерството (Лейва) е избягал от Затвора в средните векове. Планът му е да убие кралицата, като се надява скандалът около това да затвори Министерството и то да спре да съществува още през XIX в. Патрулът пътува до настоящата си месторабота отпреди 172 години, за да предотврати атентата и заличаването на институцията.

Активирани са всички аларми. Подозренията в сътрудничество с организатора падат върху Ирене, тъй като Лейва е човекът, който я е вербувал през 1960 г. Този път обаче Хулиан не заминава с екипа, а се връща в миналото, за да прекара още ден със съпругата си.

Един таблет се появява на афиш за филм по театрална постановка от 1923 г. Действието се развива в Residencia de Estudiantes в Мадрид (испански културен институт). Патрулът е командирован, за да прибере таблета. Там обаче агентите попадат на организирана атака срещу самото Министерство: в миналото се появяват собствените им снимки. Посегателството над личния им живот ще постави под въпрос тяхната лоялност. Заслужава ли си да спасяваш живота на знакови личности от историята, щом в замяна не можеш да спасиш този на най-близките си?

И все пак, срещата с Бунюел, Дали, и, преди всичко – с Лорка – оставя много емоционален и незабравим отпечатък у Хулиан.

Министерството все още се възстановява от преживяния удар след предателството на Ирене Лара. Лола Мендиета е в затвора. Хулиан се завръща след известно отсъствие. След обсесията му да спаси съпругата си Маите, загинала преди години, той се е оттеглил, за да получи психологическа помощ. Сега трябва да бъде разрешен нов случай: открити са тленните останки на Родриго Диас де Вивар, Ел Сид.

Проблемът е, че в катедралата в Бургос вече лежат други останки, за които се смята, че също са на кастилския благородник. Може би има двама? Или единият е истинският, а другият е узурпатор? Амелия и Алонсо се отправят към XI в., за да разберат. Придружава ги Амброзио Спинола, по заповед на Салвадор. Факт, който разделя Хулиан от патрула и ще създаде нов конфликт.

След заминаването на Хулиан, Салвадор активира процедура за издирването му, за да бъде той задържан, където и когато и да се намира. Отсъствието му афектира много Амелия и Алонсо. Междувременно един полицай от 1981 пристига в настоящето, докато преследва убиец, който успява да избяга през гардероб.

Става дума за Хесус Мендез, познат като Пачино, заради приликата му с героя от филма „Серпико“. Изненада за него обаче не е само фактът, че може да се пътува във времето. Според полицейските архиви – той е виновникът за извършеното убийство и се води изчезнал от същата 1981 г. За да докаже невинността си, сега Пачино трябва да залови истинския убиец. Но как да го направи в едно бъдеще, в което абсолютно всичко му е непознато?

Министерството на времето получава сигнал от края на 1604 г., от кантората на Хуан де ла Куеста на ул. Аточа 87. Издателството вече има уговорка със Сервантес да публикува първото издание на „Дон Кихот“. Оказва се обаче, че авторът не е представил оригинала пред Съвета на Кастилия, за да получи разрешение за отпечатване. Това означава, че „Дон Кихот“ може и да не види бял свят през 1605 г.. Или по-лошо: може да не излезе никога.

Факт, който не изглежда особено много да тревожи самия Сервантес, който по това време сякаш повече се вълнува от триумфа си в театралния свят. Пачино за пръв път ще участва в патрула, за да могат заедно да разрешат случая. Но да си пасне с Амелия и Алонсо няма да е толкова лесно.

На Коледа през 1808 Наполеон трябва да прекара нощта в манастира Санта Клара де Тордесияс. В същия манастир войниците му държат като пленници трима мъже: свещеникът на Тордесияс и двама мъже, обвинени в шпионаж на френските действия в района.

Според историята, намесата на майката игуменка убеждава императора да пощади живота на тримата в плен. В Министерството обаче пристига новината, че игуменката всъщност е починала преждевременно. Смъртта на задържаните трима души не би била толкова фатална, стига един от тях да не беше се оказал от предците на Адолфо Суарез. Ако историята се промени и Наполеон ги екзекутира, президентът Суарез не би се родил. Проблемът е да се намери някой, който да се престори на игуменката. Избраната е любимата секретарка Ангустиас.

По време на мисия през 1918 г., докато помага при раждането на Кармен Амая, Ирене се разболява от испански грип. Доктор Моралес, който я придружава в пътуването, решава да се върне в Министерството без нея, следвайки стриктно обичайната процедура при такива инциденти. Въпреки това – новият министър на времето Сузана Торес нарежда Ирене да бъде върната в наши дни.

Ето как цялото министерство се оказва оставено на милостта на една зараза, която навремето причинява смъртта на милиони. И за която няма ваксина. Министерството е принудено да запечата всички врати, за да разпространи епидемията и в други епохи. Вече под карантина, грипът започва да взима първите си жертви. Сузана Торес ще се убеди, че да управлява Министерството далеч не е толкова лесно, колкото си е представяла.

Хоакин Армагасийа е млад мъж, който твърди, че има дарбата да вижда през различни предмети, дори с вързани очи. Наричат го Човекът с рентгеновите очи. Сред последователите му са хора като Рамон дел Валие-Инклан и Сантяго Рамон и Кахал. Когато славата му се разнася отвъд границите на Испания, той е поканен в Ню Йорк от самия Хари Худини, за да може магът да се увери, че силите му са истински.

Проблемът е, че Армагасийа всъщност е агент на Министерството от онази епоха. Появяват се опасения, че може да се окаже изменник и да разкрие съществуването на институцията пред американците. Патрулът го придружава в Ню Йорк с мисията, ако подозренията се потвърдят, до разкрития да не се стига.

Салвадор отново поема управлението на Министерството. То обаче е подложено на одит. Всички агенти, включително и патрулът, са заети с административни задачи. Същевременно, Хулиан все още е насред войната в Куба, където става свидетел на мъките на испанските войници. На смъртния си одър един от тях го заклева да достави последното му писмо на любимата. По време на пътуването му към Балер, в опит да изпълни обещанието си, Хулиан не подозира, че ще се окаже част от „последните от Филипините“. 

Хулиан все още е в безизходица в Балер. След като бива случайно открит от Министерството, Салвадор изпраща Алонсо да го освободи. Мисията е тайна и за нея не знаят нищо нито Амелия, нито Пачино. Алонсо и Хулиан ще станат свидетели на героизма на едни мъже, защитаващи „последната си крепост“ без въоръжение, без храна и лекарства.

Бранещи със сетни сили онова, което смятат за все още испанска територия, без да подозират, че всъщност вече не е (Испания тъкмо се е отказала от правата си над Куба и Филипините). След дългото отсъствие на Алонсо, Пачино и Амелия вече подозират, че има нещо скрито.

Диего Веласкес получава нотификация на мобилния си, че една от картините му току-що е продадена на търг за баснословна сума. Годината е 2016. Това би било нещо съвсем нормално. Стига точно тази картина да не беше сред унищожените в пожара в кралския дворец (Real Alcázar de Madrid) през 1737.

Заради недостиг на персонал в Министерството – Ирене и самият Веласкес отиват на място, за да открият какво се е случило. Натъкват се на добре организиран и мащабен обир на предмети на изкуството. В него са замесени Дароу и… Лола Мендиета. Умело заменяйки ги с копия в миналото, те търгуват с оригиналите в настоящето.

В почивния си ден Ирене Лара посещава изложба, посветена на ролята на жените в битката за граждански права в Испания. Там среща група ученици, които също са на обиколка, заедно с преподавателката си. Децата обаче са озадачени, че учителката им поразително много прилича на една от жените на снимка от 1912 г. Дамата от миналото е част от група авангардистки, потънали в забвение (Las Sinsombrero).

Докато Ирене разследва случая, в Министерството се получава сведение. Вампирката от Равал не е била заловена, когато историята твърди, че трябва, и сега е на свобода. Положението се влошава, когато убийцата си дава сметка не само че е свободна, но и че също така може да пътува във времето.

Ломбарди е бивш водещ на предаване за окултизъм и паранормални явления. Когато случайно открива врата през времето в замъка Олите (Навара, Испания), правителството е длъжно да го свали от ефир и да накара останалите да вярват, че е луд. Седем години по-късно, той се завръща. Салвадор Марти се принуждава да дегизира цялото Министерство, така че то да изглежда, сякаш е една от многото държавни институции – скучна и монотонна. Но нещата рязко се объркват и изведнъж се оказва в опасност… историческият факт кой ще открие Америка.

Казват, че след една сватба следват и други сватби. Теория, към която се придържа Ирене. За Салвадор и Хулиан обаче да присъстват на подобно събитие означава да преживеят отново своите сватбени дни, а заедно с това – и спомените за по-добри времена, които повече няма да се върнат. Скоро обаче ще им се наложи да зарежат тези мисли.

Празненството се състои в замък, преустроен като за повода. Той пази легенда, която ще се пренесе в настоящето през неизвестна досега врата във времето. Историята разказва за девойка на име Констанца, която не могла да се омъжи за своя възлюбен пастир, по вина на Фадрик, господарят на замъка. Проблемът възниква, когато се оказва, че легендата е съвсем истинска, и че в замъка съществува врата през времето, която не фигурира в архивите на Министерството.

Епизодът е със специалното участие на актьорите Нанчо Ново, Патрик Криадо и Раул Симас, както и появата на Пепе Родригес, ментор в Мастършеф Испания.

Фелипе II е вбесен от краха на Непобедимата армада по английските брегове. Затова решава да наруши правилата на Министерството, установени от Изабела Кастилска, като пътува във времето, за да поправи тактическите грешки и Армадата да спечели битката.

След отказа на Министерството от 1588 да му съдейства, Фелипе привиква на помощ Инквизицията. Тя влиза в Министерството и открива, че може да се пътува не само в миналото, но и в бъдещето. Така Фелипе II се установява в настоящето за да властва не само над света, но и над времето.

Завръщайки се от мисия, в която спасява един от бащите на Конституцията от 1812, Патрулът разбира, че историята е била променена. И не съвсем за добро.